При колоноскопии можно взять прицельно биоптаты слизистой оболочки для гистологического или иного исследования с целью обнаружения данных за болезнь Крона, неспецифический язвенный колит (НЯК), атрофию, метаплазию, дисплазию, рак, дать оценку и сравнить при повторном проведении колоноскопии.
При колоноскопии можно проводить полипэктомию (при показаниях).
Назначение пациенту и оценку выполнения колоноскопии дают гастроэнтеролог, а при необходимости – хирург и онколог

Показания к выполнению колоноскопии
     С диагностической целью рассматриваются врачом гастроэнтерологом следующие показания к колоноскопии с учетом согласия пациента (мною приводятся сведения из различных источников литературы и с учетом собственного опыта) при:
- подозрении на опухоль толстой кишки (с учетом жалоб, пальпации, данных ректороманоскопии, ирригоскопии или компьютерной томографии толстой кишки, ранее проведенной колоноскопии)
- семейной предрасположенности к развитию злокачественных новообразований в толстой кишке
- хроническом абдоминальном синдроме (при исключении патологии гинекологом)
- хроническом запоре (после необходимого обследования)
- хроническом диарейном синдроме (после необходимого обследования)
- анемии (для поиска источника кровотечения и/или кровоточивости, обычно, после проведенной фиброгастродуоденоскопии)
- хронические воспалительные заболевания толстой кишки (повторно)
- других случаях (с целью дифференциальной диагностики)
С лечебной целью врачом гастроэнтерологом рассматриваются показания к выполнению колоноскопии:
- выполнение полипэктомии
- другие случаи

К экстренним (хирургическим) показаниям колоноскопии можно отнести кишечное кровотечение.

Противопоказания к выполнению колоноскопии
     Противопоказания к выполнению колоноскопии (мною приводятся суммарные сведения из различных источников литературы и с учетом собственного опыта) у больных при:
- тяжелом состоянии (шок, нарушения сердечного ритма и т.д.)
- подозрении на перфорацию толстой кишки (при токсической дилатации кишки у больных с болезнью Крона, неспецифическим язвенным колитом, острым девертикулитом)
- выраженной ишемической болезни сердца (нестабильная стенокардия, нарушения сердечного ритма, гипертонический криз, в течение трех месяцев после инфаркта миокарда)
- выявленном асците (у больных с кардиальным циррозом печени и иным этиопатогенезом заболевания)
- других случаях